Uno de los objetivos prioritarios de la Fundación es recuperar la memoria de Ferrer Guardia y de la Escuela Moderna, los valores de la laicidad y el libre pensamiento. Desde sus inicios, la Fundación ha trabajado para la constitución de este Archivo mediante la adquisición de libros y la reproducción de todo tipo de documentación relacionada con Ferrer, su obra y su época.

El Archivo recibió un importante impulso con la primera donación de libros y documentos procedentes de la familia Ferrer Guardia. Los descendientes de José Ferrer (hermano de Francisco) dieron a la Fundación 102 libros y varios documentos originales de Ferrer Guardia. Posteriormente, ampliamos el fondo con documentación procedente de los familiares del capitán Francisco Galcerán Ferrer que fue el defensor de Ferrer Guardia en el Consejo de Guerra que lo sentenció a muerte. Estas donaciones constituyen la recuperación para la investigación histórica de una documentación inédita y muy interesante.

Esta documentación se ha ido ampliando y, actualmente, el archivo contiene más de 1.000 libros y 400 documentos, antiguos y actuales, relativos al período 1880-1936.

De la donación destaca:

• 29 libros de la Editorial de la Escuela Moderna, con autores como: Condorcet, Odón de Buen, Jean Grave, Clémentine Jacquinet, Letourneau, Enrique Llúria, Carlos Malato, Martínez Vargas, Fabián Palasí, Pi y Arsuaga, Federico Urales, etc.
• El manual "L'espagnol pratique" de Ferrer, editado en París en 1897. Contiene diversas narraciones cortas de Pi y Margall, Ángeles López de Ayala (una de las primeras feministas catalanas), etc.
• Los Boletines de la Escuela Moderna de 1901 a 1903, encuadernados y en perfecto estado de conservación.
• Los libros de las "Causas" del atentado a Alfonso XIII de 1906 y de la revuelta de la Semana Trágica de 1909.

Y los documentos manuscritos siguientes:

• Dos libretas para el estudio de idiomas (1892-93), una pequeña libreta de notas de viaje con apuntes y reflexiones de diversos autores.
• La agenda de Ferrer (1900-01) con las direcciones de todos sus amigos y conocidos -como Kropotkin, Pi y Margall, Lerroux, etc- de todo el mundo (por ejemplo, Nueva York, Londres, París, Bruselas, Melbourne, Madrid o Valencia). Es muy interesante para reconstruir el mundo de las relaciones de un hombre tan complejo como Francisco Ferrer Guardia.
• La libreta de poesías "Pasado, presente, futuro" escritas por Ferrer durante su cautiverio en la cárcel Modelo de Madrid (1906). Las dos primeras partes son un canto al amor y a la pareja libre y una crítica a los prejuicios burgueses y victorianos de la época así como una crítica a la intromisión de la iglesia y el Estado en la intimidad de las personas. Es también una glosa a la relación que Ferrer mantenía entonces con Soledad Villafranca. La última parte tiene más contenido ideológico relacionado con el ideario pedagógico ferreriano.

Actualmente, el Archivo Ferrer Guardia contiene, además de la documentación mencionada:

• 1000 libros, antiguos y actuales, relativos al período 1880-1936. Donde podemos encontrar, además de documentación relacionada con Ferrer y la Escuela Moderna, material relativo a su época: políticos, pedagogos, movimiento obrero, catalanismo, masonería...
• 400 artículos y documentos sobre Ferrer y la Escuela Moderna obtenidos de diarios y revistas. Se incluyen los documentos donados por la Universidad Libre de Bruselas y los documentos aportados por el Ayuntamiento de Bruselas referentes a la historia del monumento dedicado a Ferrer que se erigió en 1911 en la ciudad.
• 450 fichas obtenidas del Diario de Barcelona (1 de octubre a 23 de octubre de 1909) sobre el caso Ferrer: juicio, sentencia, fusilamiento, repercusiones nacionales e internacionales, etc.
• 260 fotografías y diapositivas proporcionadas por el Centre National et Musée Jean Jaurès de Castres (Francia), a partir de la exposición "El caso Ferrer" que organizó esta institución con motivo del octogésimo aniversario de la muerte de Ferrer Guardia.
• 90 fotografías de revistas y documentos antiguos provenientes de donaciones de particulares.
• La colección completa (fotocopiada) proporcionada por el Sr G. Luigi Brignoli, de Bérgamo (Italia) de todos los boletines publicados por la Escuela Moderna.

Para dar el máximo de difusión a este fondo documental y para preservarlo, la Fundación ha podido poner en formato digital los documentos originales de las donaciones (tanto Ferrer como de Galcerán) así como algunos libros de la Escuela Moderna, las actas los dos procesos contra Ferrer y su único libro publicado La Escuela Moderna.